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如果手机短信已经被彻底删除，并且无法恢复，那么可以尝试以下几种方法来处理这种情况。
1、备份恢复：如果你之前有备份手机数据，那么可以通过恢复备份来找回删除的短信，这种方法需要在删除短信之前已经进行了备份，否则无法恢复。
2、第三方软件恢复：可以尝试使用第三方数据恢复软件来扫描手机，以找回已删除的短信，但是这种方法并不能保证一定能够恢复，而且使用第三方软件也存在一定的风险，需要谨慎操作。
3、联系运营商：如果短信非常重要，且没有备份，可以尝试联系手机运营商，询问他们是否有方法恢复已删除的短信，但是一般情况下，运营商可能无法恢复个人删除的短信。
4、防止进一步丢失：为了预防数据再次丢失，建议及时备份手机数据，并谨慎操作手机，避免误删重要数据。
一旦短信被彻底删除且无法恢复，恢复起来会比较困难，建议定期备份手机数据，以避免数据丢失的风险，也需要谨慎操作手机，避免误删重要信息。